学科建设按照“院有品牌、科有特色、人有专长”的发展思想，加强临床学科建设，巩固现有一个国家重点建设专科（肛肠痔瘘专科）、一个省级重点学科（内科学）、六个省级医学重点学科（医学影像学、风湿免疫学、临床检验诊断学、普通外科学、神经病学、神经外科学）和一个省级医学重点建设学科（麻醉学）的优势地位，以心血管内科、心胸外科、泌尿外科、眼科、耳鼻喉科、皮肤科、妇产科、骨科等优势学科为主体的专业技术团队，建成了四川省风湿病治疗中心和全国首批卫生部内镜诊疗专业技术培训基地，又新成立了肛肠疾病研究所和神经疾病研究所。技术水平随着医院综合实力的提高，先后开展了不停跳心脏直视手术、右半肝右三肝切除术、颅内动脉瘤切除术、喉癌全切功能重建术、高位颈髓肿瘤切除术、放射介入肝内门体分流术、主动脉缩窄球囊扩张与支架置入术、腹腔镜胃癌根治术等省内、国内先进医疗技术，树立了在川东北地区的中心地位。科研水平随着学科建设的不断深化，科技工作的重点地位也进一步落实，近年来，医院获得国家级科研项目15项，其中国家自然科学基金立项资助项目9项。在中华系列医学杂志上发表论文222篇，SCI收录53篇，Nature上发表1篇，荣获省人民政府科技进步奖24项，其中一等奖2项，二等奖3项，三等奖19项，荣获四川省医学科技一等奖1项。临床教学承担了川北医学院临床医学、医学影像学、医学检验学、护理学、口腔学、麻醉医学、中西医临床医学、临床医学妇产科专业、临床医学耳鼻喉专业、眼视光等专业1万余名本科、专科学生的主要临床教学任务。同时，医学影像与核医学、临床内科学已独立招收硕士研究生。社会责任在处置非典、禽流感、三聚氰胺问题奶粉和甲型H1N1型流感等重大突发性公共卫生事件，抗震救灾、灾后援建、支医扶贫、定点帮扶等方面中，医院始终以高度的社会责任感，勇挑重担、冲锋在前，发挥了川东北地区医学技术中心的主力军作用。
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