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近年来，医院十分重视专科建设，医院不断加强重点专科建设，现有广东省医学特色专科消化病专科和临床基因检测专科2个，深圳市卫生系统重点专科8个，市中医特色专科1个，院级重点学科3个。重点专科在人才培养、技术创新等方面取得了很大的成绩，某些领域走在了省内甚至国内前列。省级特色专科消化病专科由消化内科与胃肠外科组成，擅长内镜下食管静脉套扎、胃底静脉粘合剂治疗，内镜下引导扩张及金属支架放置术、内镜下肿瘤剥切术、腹腔置管灌洗术、内镜下胰管支架放置、经自然孔道腹腔内镜诊断与治疗和ERCP胆道取石术等处于省内领先水平。省级特色专科临床基因检测专科拥有先进检测仪器，致力于运用基因检测手段提高诊断疾病的水平，已进行各种遗传疾病致病基因检测达3万多人次。市级重点专科呼吸内科拥有全市规模最大的独立建制的呼吸重症监护病房；拥有完善的、先进装备的内窥镜室、高配置睡眠多导诊断仪及肺功能仪，在呼吸睡眠暂停综合症的治疗、重症呼吸道疾病的诊治上处于领先水平。骨科基础雄厚，病源充足，拥有先进的医疗技术和方法：近年来在国内率先开展了SEP监护椎间盘镜下行腰椎间盘切除术、微创经皮DHS内固定治疗股骨粗隆部骨折、DSA监控下四肢血管重建术等。新生儿科以心肺脑疾病诊治为优势，以早产儿救治为重点，特别是在应用肺表面活性物质防治新生儿呼吸窘迫综合症成绩突出。微创外科充分利用各种现代微创外科技术的优势，治疗肝胆胰、胃肠、胸外、泌尿外科、妇科等疾病，最大限度地减轻病人的手术痛苦和创伤，加快术后康复。放射科是全市规模最大、开展项目最多的医技科室，CT、MRI影像诊断和介入治疗在某些疾病诊治方面已达到省内及国内先进水平。介入放射科成立独立病房，依靠自身的技术力量在国内较早地开展了主动脉病变（胸主动脉夹层、腹主动脉瘤）的血管大支架植入治疗。肿瘤的综合微创介入治疗水平取得省内外专家和患者的认可。肿瘤科由肿瘤内科和肿瘤放疗科组成，是全市肿瘤诊治中心，在恶性肿瘤的治疗上处于领先地位。口腔科在颌面外科、种植牙技术、牙周病治疗、口腔粘膜病等治疗方面处于省内和市内的先进水平。2009年，医院将原来的行政办地址迁至旧的招待所楼上，将原址翻修改建为新的口腔医学中心，牙椅增至42张，医生工作间增至42间，总面积扩至1530平方米，改造后的口腔医学中心面貌焕然一新。
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