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九院是一所以口腔、整复外科和骨科为特色的内、外、妇、儿各科齐全的三级甲等综合性教学医院。近年来，以“精修医术、诚炼医德、广纳贤才、齐铸九院”的医院精神，以“科教兴院、人才强院”的发展战略，在医、教、研、管理等方面取得了可喜成绩。已连续九届评为上海市文明单位，并获“全国城市医院文化建设先进集体”荣誉称号。医院拥有3个上海市临床医学中心（口腔临床、整复外科、关节外科）和2个上海市临床医疗质量控制中心（口腔医学、医学美容）。口腔临床医学、整复外科与组织工程学、外科学（骨科）现为国家重点学科，口腔基础医学现为国家重点培育学科。2009年教育部学位与研究生学位发展中心公布的2007～2009学科评估高校排名结果，上海交通大学口腔医学以80分与北京大学并列排名全国第二。口腔医学、整复外科学、骨科学为教育部第三期“211工程”重点建设学科。口腔黏膜病科列为国家中医药管理局重点专科。组织工程学为上海市“重中之重”学科，口腔颌面外科为上海市重点学科（优势学科），口腔修复生物材料学为上海市重点学科（特色学科），口腔基础医学和眼科学为上海市第三期重点学科，骨科为上海市教委重点学科。眼科、麻醉科、泌尿外科、内分泌科为上海交通大学医学院重点学科。也是上海交通大学医学院血管病诊治中心、疝与腹壁外科疾病诊治中心单位。
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