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中心的主要任务是组织实施广州全市的疾病控制和预防计划；负责疾病、媒介生物的调研、监测、预测预报，组织对重大疫情、传染病暴发流行的调查，制定控制对策和措施；负责疾病预防控制信息的收集整理、统计分析、综合评价、反馈及疫情报告；实施计划免疫接种和规划；开展疾病防治工作；开展相关技术的科研、咨询和公众健康促进、疾病预防指导。负责卫生工程设计监测及卫生工程、健康相关产品的卫生学评价，承担卫生行政部门、卫生监督机构交办的专项抽检、产品检验和卫生学评价；负责从业人员健康检查和卫生知识培训；负责突发事件、违法案件的现场卫生学调查和采样；承担有关单位委托的检验任务和市卫生局交付的有关工作任务。
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