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华山医院最热门的科室是皮肤科、神经内科、神经外科、手外科，与这几个科室的实力强大是分不开的。从患友在好大夫在线上讨论最多的疾病（周围神经病损、白癜风、脑部肿瘤、癫痫、脑血管病、脑垂体瘤、痤疮、胶质瘤、银屑病、关节损伤等）也可以反映出来。上海华山医院皮肤科历史悠久，实力强大，在国内外享有较高的声誉和较大的影响，门诊就诊人数逐年上升，2003全年达62.7万人次，单科年门诊量世界第一。病例数之多、病种之广在国内是首屈一指，在国际上亦属罕见。现有正高职称工作人员8名、副高职称15名，还有一大批主治医生和住院医生。目前皮肤科学科带头人是郑志忠教授，也是中华医学会皮肤性病学分会副主任委员、中华医学会皮肤性病学分会全国银屑病学组组长。好大夫在线上好评的医生有傅雯雯、项蕾红等。华山医院皮肤科太热，很多网友反映一号难求。华山医院神经内科的学术带头人是第三届中华医学会神经内科分会主任委员吕传真教授，目前该科有教授9名，副教授10名，其中博士生导师4名，硕士生导师4名。科室重点方向：（1）急性脑血管病的规范治疗；（2）神经系统自身免疫病，特别是重症肌无力、多发性硬化、格林-巴利和多肌炎等方面；（3）帕金森氏病和老年痴呆等老年神经疾病进行研究；（4）癫痫和偏头痛等发作性疾病的研究。除特需、疑难病门诊以外，还设有各种专病门诊，周一上午重症肌无力和其他神经肌病门诊；周二上午癫痫门诊；周二下午帕金森病和运动障碍门诊，并开展肉毒素治疗；周三上午运动神经元疾病；周三下午多发性硬化等脱髓鞘病门诊；周四上午偏头痛门诊；周四下午中风随访门诊；周五下午记忆障碍门诊。华山医院神经外科是我国历史最悠久的神经外科之一，有着“北有天坛，南有华山”的美誉。神经外科年手术量已经达8000台，年门诊量近3万人次，急诊量5000多人次。神经外科拥有终身教授1名（中国神经外科奠基人之一史玉泉教授），在职的高级职称人员29名，其中博士生导师13名，硕士生导师10名。现任学科带头人周良辅教授是中华医学会神经外科学会副主任委员。华山医院手外科实力非常强大，为华山医院特色特室之一，吸引了全国各地病员，同时也受到国际同行的高度赞誉。中国工程院院士顾玉东教授为该学科带头人。徐建光教授任中华医学会手外科分会主任委员。传染科也是华山医院强大的科室之一，目前拥有多名具有丰富临床经验、全国知名的专家教授及一批活跃于医、教、研工作前线的中青年骨干队伍，其中包括教授、副教授20名，博士生导师3名硕士生导师6名。翁心华教授曾任中华医学会传染病学会主任委员。慢性病毒性肝炎的诊治是该科的强项。
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